Помимо стандартных функций по защите и проверке системы, TrojanHunter имеет несколько дополнительных возможностей: подробное дерево активных процессов с возможностью просмотра всех подключенных к исполняемому файлу библиотек; менеджер автозагрузки с возможностью сортировки по месту расположения (сервис, реестр, списки автозгрузки, ini-файлы и т.д.); модуль мониторинга сетевой активности, модуль просмотра открытых окон, как скрытых, так и видимых; MemString – модуль, позволяющий не только отображать активные процессы, но и просматривать их действия в области памяти. Как и любая другая серьёзная программа, TrojanHunter имеет систему автоматического обновления и подробную помощь.